В границах заповедника, чувствуя себя в безопасности на обширных водно-болотных угодьях, предпочитают проводить время десятки тысяч водоплавающих птиц в те периоды, когда они особенно уязвимы – во время гнездования и линьки. Не только российские учёные, но и зарубежное научное сообщество признаёт исключительное международное значение заповедника как ключевой территории на Европейском севере России, сохраняющей важнейшие местообитания водоплавающих птиц.
Не менее ценны заповедные водоёмы – места зимовок, нагула и нереста ценных промысловых рыб, таких как чир, сиг, пелядь, омуль, ряпушка. Сохраняя их от промышленного и браконьерского лова, заповедник способствует увеличению рыбных промысловых запасов в дельте реки Печоры. Особое значение имеют многочисленные заповедные нагульные водоёмы северной части Коровинской губы, которые продуцируют здоровых производителей нижнепечорских рыб.
В заповеднике сохранились ягельники, являющиеся эталонами оленьих пастбищ, куда в последние десятилетия не ступала нога человека.
На заповедных островах Матвеев, Долгий, Голец, Малый и Большой Зеленцы начала восстанавливаться когда-то почти полностью истреблённая в результате перепромысла и деструкции лежбищ популяция атлантического подвида моржа. В настоящее время на острове Матвеев располагается крупнейшая сезонная залёжка моржей в регионе. Численность животных на ней достигает более 2000 особей.
«Создание и существование заповедника «Ненецкий» - это отражение подлинной заботы о настоящем и ответственности перед грядущими поколениями. 25 лет, четверть века искреннего служения заповедному делу! В этот праздничный день хочется поблагодарить каждого сотрудника за самоотверженный труд. Вместе нам удалось решить множество важных и трудных задач. Наша результативная деятельность - это старания каждого работника заповедника. Желаю и дальше оставаться одной командой. Верю, что впереди нас ждет только успех. Пусть работа легко выполняется, а проекты реализуются!», - поздравил коллектив директор заповедника «Ненецкий» Станислав Золотой.